截至2018年，包河区全区有47所中小学，其中高中2所、初中11所、九年一贯制学校6所、小学28所，高中在校学生2975人、初中在校学生21160人、小学在校学生65804人，教师总数4825人（在职）。高中阶段毛入学率98.5%，初中阶段适龄人口入学率100%，小学学龄儿童入学率100%。全区拥有省级特色学校3所、市级素质教育示范校22所。全年投入教育经费13.35亿元，比上年增长43.55%（统计数据中不含民办学校和驻区高校附中—工大附中和科大附中）。